1994.03 본부직할 법정연구소인 인구의학연구소(1972. 4. 설립)를 서울대학교 [의학연구원]으로 명칭변경 (대통령령 14180호)
1995.01 인구의학연구소와 의과대학부설 7개 연구소 통합
(감염병연구소, 체력과학노화연구소, 신경과학연구소, 폐연구소, 의용생체공학연구소, 환경의학연구소, 심장연구소)
1997.02 내분비대사영양연구소, 방사선의학연구소, 유전자이식연구소, 알레르기 및 임상면역연구소 증설
2002.02 장기이식연구소 증설
2003.06 원자력영향역학연구소 증설
2004.03 인간행동의학연구소 증설
2004.06 류마티스연구소 및 피부과학연구소 증설
2005.04 내분비대사영양연구소 폐지 결정(2006. 2. 규정 개정)
2006.02 인간유전체연구소 및 보완대체의학연구소 증설
2007.02 체력과학노화연구소 본부직할 노화고령사회연구소로 개편
2007.08 심장연구소 폐지, 유전자이식연구소와 인간유전체연구소를 유전체의학연구소로 통합. 감각기관연구소 및 법의학연구소 증설
2008.02 의료관리학연구소, 신장연구소, 허혈저산소질환연구소 증설
2008.08 보완대체의학연구소 명칭을 보완통합의학연구소로 변경
2011.12 원자력영향역학연구소 폐지
2012.09 피부과학연구소 명칭을 인체환경경계생물학연구소로 변경
2013.04 폐연구소 폐지
2013.09 보완통합의학연구소 폐지
2018.06 류마티스연구소 폐지

초대 원장

장윤석 교수

1994. 3. 1 ~ 1996. 2. 28

2대 원장

박찬웅 교수

1996. 3. 1 ~ 1998. 2. 28

3대 원장

박찬웅 교수

1998. 3. 1 ~ 2000. 2. 28

4대 원장

김명석 교수

2000. 3. 1 ~ 2001. 8. 31

5대 원장

이종욱 교수

2002. 3. 1 ~ 2004. 4. 10

6대 원장

왕규창 교수

2004. 4. 11 ~ 2006. 4. 10

7대 원장

왕규창 교수

2006. 4. 11 ~ 2008. 4. 10

8대 원장

임정기 교수

2008. 4. 11 ~ 2010. 4. 10

9대 원장

임정기 교수

2010. 4. 11 ~ 2011. 12 16

10대 원장

강대희 교수

2011. 12. 30 ~ 2013. 12. 29

11대 원장

강대희 교수

2013. 12. 30 ~ 2015. 12. 29

12대 원장

강대희 교수

2015. 12. 30 ~ 2017. 12. 29

13대 원장

신찬수 교수

2017. 12. 30 ~ 현 재