혈저산소질환연구소(Ischemic/Hypoxic Disease Institute, "IHDI")는 인체의 정상기능뿐만 아니라 수많은 질환기전에 관련된 저산소 (hypoxia)에 대한 생리, 약리, 병리, 면역학적 연구 수행을 목적으로 2008년 2월 설립되었다. 
전통적으로 생체내 저산소상태는 혈관폐색과 혈류저하, 즉 허혈 (ischemia)상태가 주요 관심사였다. 이는 심장과 폐 그리고 뇌의 허혈-경색이 전체 사망율에서 가장 큰 부분을 차지하는 현실을 반영한 바이다. 
이에 더하여 암조직과 염증조직의 국소적 저산소 환경 및 이에 의한 세포반응의 변화는 거의 모든 종류의 인체질환과 관련되어 있다. 특히 저산소 조직과 세포에서 만들어 내는 혈관신생인자들에 의한 혈관증식은 생리적 반응도 중요하지만, 병리적 과증식은 각종 미세혈관질환 및 암세포전이에 중요하다.

이러한 다양한 질환기전 연구를 위해서 는 단일 장기나 기관시스템에 국한된 연구보다는 다양한 분야 연구자들의 융합적 교류와 협동연구가 필수적이다.
연구소 설립 이전부터 참여 교수들의 정기적 월례 집담회를 3년 정도 지속적으로 진행하였으며, 이러한 네트워크 구축을 바탕으로 공식적인 연구소 설립과 활동에 들어갔다. 이후에도, 연구소의 주요 활동은 집담회 및 연례 합동웍샾, 심포지엄 등의 학술행사를 중심으로 이루어졌다.
연구소 구성원 사이의 협동연구성과는 많은 공저논문들로 증명되었다. 또한 연구과제 수주에서도 중요한 성과를 이루었다. 예를 들면 한국연구재단의 중요한 집단연구과제인 Medical Research Center (MRC)과제를 허혈저산소연구소 참여 기초교수들이 주축이 되어 수주한 바이다. MRC 전체 참여교수 들 중 연구단장 김상정 교수를 포함한 50%가 허혈저산소연구소 겸무교수들이다 (전양숙, 예상규, 조정연) .
연구소 초대 소장은 의과대학 약리학교실의 박종완 교수였으며, 초기 연구소 활성화에 큰 기여를 하였다. 2015년 2대 소장으로 생리학교실의 김성준 교수 (2015.03 - 2019.02) 이후 현재 2019년 3월부터 3대 소장으로 생리학교실의 전양숙 교수가 맡고 있다.
 기초의학과 임상의학 교수들이 모여서 한달에 한번씩 허혈. 저산소 반응에 대한 최신 정보를 교환함으로써, 각자의 전공 관점에서 연구에 대한 자문을 할 수 있도록 함. 뿐만 아니라, 연구를 시작할 시점에서 발전된 방향으로 나아갈 수 있도록 연구과제에 대한 객관적인 가치를 판단할 수 있도록 도움을 주며, 나아가 학제간 공동연구를 수행하여 세계적으로 경쟁력이 있는 저산소 연구팀을 구축할 수 있는 기반을 마련하는데 큰 도움이 되리라 사료된다.